El CNA tiene como finalidad prevenir y combatir la corrupción en el país, ya que ha obtenido experiencia mediante procesos de veeduría, auditoría activa y abogacía avanzada en instituciones de carácter gubernamental orientadas a la verificación del cumplimiento de los procedimientos establecidos en la normativa jurídica hondureña.
Del mismo modo, en la lucha contra la corrupción, se analizan denuncias ciudadanas de actos ilícitos cometidos por funcionarios y exfuncionarios públicos en donde se vean comprometidos los recursos del Estado. No es sino a partir de estas denuncias que el CNA prepara líneas de investigación y las presenta ante los órganos competentes.
El Consejo es la primera organización de sociedad civil certificada en procesos de desarrollo organizacional en América Latina a través de Counterpart International.
